“...Al hacer la confrontación correspondiente, se establece que el artículo 3 de la Ley del Impuesto a las Empresas Mercantiles y Agropecuarias, viola el mandato que prohíbe la doble o múltiple tributación garantizado en el artículo 243 de la Constitución Política de la República de Guatemala, porque grava la propiedad de las empresas y sus activos, pues hace recaer el impuesto sobre el mismo objeto que lo hace el impuesto sobre la renta; además, los tributos deben estructurarse de acuerdo con lo establecido en el artículo 239 constitucional, sobre la base de una adecuada equidad y justicia tributaria; y en el presente caso, se obliga a personas individuales o jurídicas, propietarias de empresas jurídicas agropecuarias que operen bajo un régimen tributario especial a tener que pagar el impuesto a las empresas mercantiles y agropecuarias sin que el pago del mismo pueda ser objeto de compensación o acreditamiento con el pago del impuesto sobre la renta; por lo que, resulta injusto e inequitativo que los contribuyentes que se acogieron a los regímenes fiscales especiales establecidos en los Decretos 22-73, 29-89 y 65-89, todos del Congreso de la República de Guatemala,...
Los artículos 7 y 9 de la Ley del Impuesto a las Empresas Mercantiles y Agropecuarias determinan lo relativo a una opción de pago del impuesto a las empresas mercantiles y agropecuarias, cuya base imponible puede calcularse sobre la cuarta parte de los ingresos brutos, tomando como parámetro de referencia lo que declararon o debieron declarar en el período de imposición definitiva anual del impuesto sobre la renta, y en el caso en que no se hubiera declarado ingresos, la determinación del impuesto se hará sobre el activo neto total. Tanto el ingreso, como el activo de una empresa son parte integrante del patrimonio de la persona que ostenta la propiedad de la misma. De ahí la observancia de una adecuada equidad y justicia tributaria precisa que el contribuyente debe tener una real posibilidad de poder deducir de sus ingresos brutos todos aquellos gastos en los que haya incurrido para la preservación de la fuente de ingresos y así determinar fehacientemente cuál es su aptitud efectiva para el pago de un tributo, cuyo gravamen esté determinado precisamente por su nivel de ingresos, lo cual no ocurre con el impuesto a las empresas mercantiles y agropecuarias, porque estas no toman en cuenta que el activo de una empresa no puede constituir parámetro para determinar una real capacidad de pago de un impuesto, pues no permite efectuar las deducciones necesarias para conservar la fuente generadora de rentas, resultando con ello una evidente injusticia tributaria, al violarse como consecuencia el principio de capacidad de pago...”